Les Affranchis - Goodfellas, basé sur l’histoire véridique de Henry Hill, membre de la mafia (interprété par Ray Liotta), sort en 1990 et est nommé six fois aux Oscars (Joe Pesci remportera celui du second rôle masculin). Le film recevra de nombreux prix à travers le monde dont le Lion d’argent au festival international de Venise. Sitôt le tournage de Goodfellas terminé, Scorsese se rend au Japon interpréter le rôle prestigieux de Vincent Van Gogh dans Rêves - Dreams d’Akira Kurosawa. La même année, il co-produira le film de Stephen Frears adapté du roman de Jim Thompson, The Grifters. 

Avec Les Nerfs à Vifs - Cape Fear  (1991), Scorsese s’attaque à un genre nouveau pour lui : le thriller. Il s’agit de l’éprouvant remake du film du même nom de 1962 avec Gregory Peck et Robert Mitchum. Le film traite du violent conflit entre un ex taulard psychopathe (Robert De Niro) et son avocat (Nick Nolte) qui l'a envoyé en prison. Egalement interprété par Jessica Lange et Juliet Lewis, Cape Fear est à ce jour le plus gros succès financier du cinéaste. 
En 1991, la Cinémathèque Américaine le récompense pour l’ensemble de sa carrière.

En 1997, Scorsese est honoré par l’AFI (American Film Institute) du Life Achievement Award, récompense très prestigieuse aux USA, pour l’ensemble de sa carrière. Et la même année il réalise Kundun, l’histoire de la jeunesse de l’actuel dalaï Lama, réfugié en Inde après la prise de pouvoir de son pays par la Chine communiste. Le film sera quatre fois nommé aux Oscars. En Mai 1998, il devient président du jury au festival de Cannes, l’année du triomphe du film de Roberto Begnini La vita e bella. Scorsese travaille ensuite sur un documentaire sur le cinéma italien. Il  co-produit le western de Stephen Frear, The Hi-Lo Country, et fait une apparition dans The Muse d’Albert Brooks.
En 1999, Martin Scorsese retrouve pour l’occasion les rues chaudes de New York, dans A tombeau ouvert - Bringing out the dead, avec Nicolas Cage et Patricia Arquette dans les rôles principaux.

Début 2005 sort en France The Aviator, la biographie du milliardaire américain Howard Hugues, avec le nouvel alter ego du cinéaste, Leonardo DiCaprio. Le film remporte le Golden Globe du meilleur film 2004 mais de nouveau le réalisateur sera le principal oublié des oscars.
Et 2005, c'est aussi l'année des retrouvailles Scorsese-DeNiro, à l'occasion de la réalisation d'une publicité pour une célèbre carte de crédit américaine. Même si l'entreprise peut surprendre ou irriter, il faut avouer que le résultat est magnifique plastiquement et même émotionnellement quand on retire les cinq dernières secondes purement mercantiles.
Puis, retour au doc avec un nouveau film fleuve en 2005 consacré à Bob Dylan.

2006 fait se retrouver une troisième fois consécutive Martin Scorsese et Leonardo DiCaprio avec la sortie de The Departed, qui marque le retour du cinéaste avec son genre de prédilection : le film de gangster. Outre DiCaprio, le film réunit un casting tout simplement exceptionnel avec Matt Damon, Mark Wahlberg, Martin Sheen et Alec Baldwin, mais surtout un nouveau venu dans l'univers scorsesien, Jack Nicholson en parrain de la mafia irlandaise de Boston. Le film est un succès critique mais surtout le plus grand succès public du réalisateur à ce jour.

Leonardo DiCaprio et Martin Sheen